ТРЕТИЙ СЕЗОН 2006-2007

Эпизод 1
No Man's Land.
Пустынная Земля.

Команда отчаянно пытается мешать двум кораблям Врайтов достигнуть Земли. Шеппард должен положиться на старого противника, чтобы спасти МакКея и Ронона.

Эпизод 2
Misbegotten.
Незаконнорожденный.

Команда Атлантиды должна решить судьбу колонии Врайтов, они превратились в людей. Доктор Вейр должен защитить ее лидерство, когда она оценена I.O.A.

Эпизод 3
Irresistible.
Неотразимый.

Команда Шеппарда встречает неприятного человека, которого все обожают благодаря тайне, которую знает только он - и неожиданно, это затрагивает и них.

Эпизод 4
Sateda.
Сатеда.

Рейфы захватили Декса и вернули его на родную планету. Снова став жертвой в охоте Рейфов, Ронон вынужден еще раз пережить свое прошлое.

Эпизод 5
Progeny.
Потомки.

Вейр и команда посещают передовую цивилизацию, которые откололись тысячи лет назад, но обнаруживают, что они не оставили Атлантиду в мире.

Эпизод 6
The Real World.
Настоящий мир.

Элизабет Веир пробуждается в психиатрической больнице, где ей говорят, что экспедиция в Атлантис и Звездные Врата - вымыслы ее воображения.

Эпизод 7
Common Ground.
Общая цель.

Полковник Шеппард оказывается заключенным командующего Духов, наряду с Врайтом, который был отделен от его соотечественников.

Эпизод 8
McKay & Mrs Miller.
МакКей и миссис Миллер.

Родни МакКей возвращается к своей сестре на Землю.

Эпизод 9
Phantoms.
Миражи.

Команда Атлантийцев пытается вернуться на базу, но попадает под обстрел, когда врата оказываются недоступны. В это время соратники Шеппарда начинают вести себя странно, попав под влияние технологии Рейфов. Позже и вся окружающая действительность начинает казаться неестественной.

Эпизод 10
The Return (Part One).
Возвращение (Первая часть).

Генерал Джек О'Нилл вызван в Атлантис, чтобы помочь в борьбе с расой Асуранцев - древними аналогами человекоподобных репликаторов. Городу угрожает полный захват Асуранцами, но в это время появляется корабль Древних. Экипаж корабля рассказывает атлантийцам истории своих жизней, открывая попутно новые возможности Атлантиса.

Эпизод 11
The Return (Part Two).
Возвращение (Вторая часть).

Команда Атлантиды должна спасти генерала О'Нилла и Ричарда Вулсей, захваченных в плен Асурами.

Эпизод 12
Echoes.
Эхо.

Бекетт наблюдает за медицинской бригадой, оперирующей человека с сильнейшими ожогами, но внезапно видение исчезает. В это время МакКей работает над устройством для общения с атлантийскими касатками. Неожиданно оказывается, что они говорят на известном языке.

Эпизод 13
Irresponsible.
Невменяемый.

Атлантийцы вновь встречаются с Люшисом Лавином, который теперь на другой планете манипулирует непросвещенными жителями. Команда Шеппарда обнаруживает, что в своих "героических" инсценировках обманщик использует бывших гвардейцев Кауэна, после переворота работающих по найму. Тогда же на планету со своим личным интересом прибывает Акастус Коля.

Эпизод 14
The Tao of Rodney.
Дао Родни.

У МакКея возросли умственные способности. Его мозг может понимать вещи, которые остальным не подвластны. Он хочет перепрограммировать использование Атлантисом МНТ, а остальные даже не представляют, что он делает. Все идет не самым лучшим образом, а Зеленка ранен энергетической волной.

Эпизод 15
The Game.
Игра.

Шеппард и МакКей играют в компьютерную игру Атлантиса, похожую на Симс, где разработаны персонажи для каждой из сторон. Но, оказалось, что это вовсе не игра.

Эпизод 16
The Ark.
Ковчег.

Команда Шеппарда обнаруживает на орбите луны одной из планет космическую станцию с криокамерами, в которых спит около тысячи человек. Их цивилизация выбрала такой путь, чтобы спастись от Рейфов.

Эпизод 17
Sunday.
Воскресение.

Выходной на Атлантисе мало чем отличается от обычного дня - все заняты своими привычными делами. Но внезапно, Атлантис сотрясает взрыв....

Эпизод 18
Submersion.
Погружение.

Атлантийцы ищут альтернативу МНТ. И находят в глубинах океана заброшенную буровую платформу. Тейла предупреждает всех, что ощущает присутствие рейфов...

Эпизод 19
The Vengeance.
Месть.

Пропала связь с послением Таранцев. Команда Атлантиса прибывает на планету. Населения нет. В подземных коридорах Тейла находит пустой кокон, значит кто-то из него появился...

Эпизод 20
First strike.
Первый Удар.

В Атлантис прибывает новый земной корабль "Аполлон" с полковником Эйбом Эллисом. На Земле узнали, что Репликаторы во всю строят флот, чтобы снова попытаться захватить Атлантис, но на этот раз они используют обычный материал вместо "клеток" Репликаторов. Поэтому на Земле решили, что Атлантис должен первым нанести удар по Репликаторам. Тем временем Асгарды смогли создать спутниковое оружие, способное уничтожить всех Репликаторов на поверхности планеты. В Зоне 51 пытаются повторить открытие. И лишь доктор Вейр беспокоится по поводу всего этого плана - ведь они официально начинают войну. Притом войну против очень могущественного врага.